希望聯盟的內閣排陣，尤其是行動黨的官職委任，引起了一些爭議。倪可敏入不了閣，簡直成了羅生門。一說是敦馬鑒於過去倪可敏的過激言論不委任他，一說倪可敏是行動黨黨內派系角力下的犧牲品。從第一次政黨輪替行動黨推舉閣員的人選來看，黨內資歷與派系的考量不是主要因素。換言之，行動黨並沒有考量到派系共治，而是採取中央領導層決定的姿態。

最明顯的例子就是楊美盈，無論在黨齡與資歷都淺，卻因為個人才華被委任為能源、科技、科學氣候與環境部長。如果論州屬出身，雪州領袖佔多數，除了楊美盈外，還有楊巧雙、王建民、張念群，雖然張念群後來被選為柔佛州副主席。這個結果被很多黨內人士認為是以林吉祥、林冠英與潘儉偉三人的決策為主。林冠英被委任為財政部長，人氣和聲望如日中天，黨內應該是沒有人可以挑戰他的權威。

或種下黨內派系紛爭種子

雖然有人提到，這個不顧全派系利益分配的委任，將為黨內種下派系紛爭的種子，但是，這也是行動黨借中央官職委任的新趨勢，一舉切斷基層黨員以為黨職是保障官職的必要條件的念頭。換言之，過去國陣黨團如巫統、馬華、民政黨領袖常掛在嘴邊的“大選決定政治生命，黨選決定政治身家”的派系運作規則，將可能不是行動黨依循的派系治理方式。

從積極面來看，行動黨委任中央政府的官職將更多以職位與個人能力作為考量的依據，州屬、黨齡或黨職不是必要條件。這對專才與青年才俊是有吸引力的，因為他們無需走一段漫長的過程，從基層領袖開始鍛煉，而有可能直接攀升中央政府正副部長職位。另一方面，既然黨的資格不是必要條件，那對掌握委任大權的秘書長而言，這是確保領導權威與核心的上方寶劍，對栽培自己的黨內實力是決定性的。

其實行動黨長期在野，尚未形成馬華、民政黨等積年累月的派系鬥爭與共治模式。行動黨也吸取了過去國陣黨團因為黨爭造成分裂的教訓，如今他們將中央政府的官職不以派系共治的心態來分配，顯然是一個新的嘗試。雖然黨內基層有若干的聲音批評中央，但這個正副部長的委任實際對行動黨內部會造成什麼影響，還有待接下來黨選的結果。