蓝民洤：科学家携手发现更多微生物

在上个星期的专栏里，我们谈到对比基因组里几千个基因的不同与排序法，如此一来，才能让科学家更能了解细菌品种之间的差别。一般而言，相近属性的细菌，如果它们基因组之间的差别度大于4～5%或以上，加上表象与化学分类上的特征差异为辅助，就可列为新的细菌品种，并为此命名。

由此可见，细菌的身分认证，可比人类复杂多了，需要经历一层层把关才能被取名。不过却也清晰多了，因为对每只细菌基因组都了解透彻，不像我们人类，就算了解人类本身的基因组也没办法掌握人心。这些新命名的细菌品种，都有国际组织（注1）审查并有拥有所谓证书，为新细菌品种贴上认证标签，列明在数据库里（注2）。

这种靠著器皿上培养细菌的传统做法，耗时耗精神，并存在盲点。这种方式必须把一只只菌落培养出来，重复以上所说的过程，才能逐步发现与验证出新品种的归属。而且不是每一种细菌能培养在器皿上的。

由于培养过程中所给予的养分，未必适用于还没被发掘的新细菌品种（就像没有一种食物是所有人都喜欢的道理一样，各花入各眼），加上培养环境可能让一些细菌不适应，或培养条件较为复杂而非设计中的单一，所以大多数还未被发掘的微生物是还没被“看见”的。

运用新科技发掘宝藏微生物

幸好，也因生物科技的进步，我们可以跳过传统培养在器皿里的方式，直接从环境的样本中提取所有微生物的基因组，透过下一代基因测序和生物资讯学的分析，一次过掌握一个样本里所有微生物基因组的资料。换一个说法就是，同时间，比起得知一个新品种，你可能得知一个群体的微生物基因组信息。这方式不但省时，也能避免人为疏失，更直接拔高了生物分类学的素质。

近几年的期刊与文献，也涌现了这种研究趋势，像是打开了多个自然界的潘多拉盒子，短时间内发现了新的微生物分类，除了新品种，还有新的门、纲、目、科、属的分类。这样的进展，像是透过选秀节目寻获了宝藏姐姐、宝藏歌手，生物分类学家透过新科技寻获了宝藏微生物。而这种不依赖培养的方式，唯一的缺点在于，我们需要非常精密的生物资讯分析，但是透过一次次的电脑科学家与生物科技专家的碰撞与磨合，相信解决这问题并不难。

相信在不久的将来，验证新微生物品种并为其命名的SOP即将迎来新的转变。

身为人类的我们，一出世，就被取了名字，就带著报生纸和身分证的基本资料，以这些资料为基底，然后建立思维、性格等，进而了解自己并成长，奉献于社会。但是，在微生物界，它们本是地球的住客，我们却不知道它的存在，而当确认它们存在后，名字却是最后下结论的答案，而不是一开始的起步。

或许，我们不该去纠结于发觉的方法好坏，或是比较各种生物的得失，或许，更重要的是如何善用这些新微生物，并好好保育它们。拥有丰富天然资源的大马，除了加紧步伐跟上生物科技的最新脚步，也希望有关当局能够珍惜天然资源，多去发觉这位尚未可知的新微生物，善用它们来帮助本国的经济，消除只看见近利的短见。

愿：珍惜那些看不见的远见。

注1：国际原核生物系统学委员会：http://www.the-icsp.org/
注2： 列明现有并已认证的微生物品种网站： https://lpsn.dsmz.de/