蓝民洤:遇见新细菌的缘分有多难? | 中國報 China Press
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    蓝民洤:遇见新细菌的缘分有多难?

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    《七十亿分之一》是已故歌手小鬼黄鸿升在2011年发表的歌曲。在这世界上要遇见彼此相互喜欢的人,那几率或许只有七十亿分之一,这还不包括当中缘分带你经历的错过与回眸。对这几率的期盼,或许就像小鬼的初恋女友杨丞琳在《点水》里所诉说的——七十亿个灵魂都在找同个永恒,我们对爱能永恒的期盼。然而,十年后的2021年,世界的人口即将突破八十亿了。

    茫茫人海中,如果要用一个比较有系统的方式去寻找及确认一个人,大约就是善用国家登记局里的记录,也就是每个人手上的报生纸与身分证。这些证件记载著我们的基本资料,比如姓名、性别、国籍、住址等。

    每个国家的人口记录都拥有这些资料的分析,总结起来可以是活在这地球的人。计算人口比其他生物容易得多,毕竟我们已建立一套系统和规范。再说,人类都是归属于生物里其中的一种品种而已。可是,这世界却充满其他未知的微生物,它们的确存在,但,有许多品种还没被发掘,也未曾在实验室里培养过,更别说分类与记载了。根据一些研究期刊的评估,微生物的数种估计可能接近一兆!而这数目当中,有大约八成是还没被发掘并分类至品种等级的(注1)。

    我们如何去发掘这些未知?


    除了人类,微生物本身目前还没有意识地,能透过有条理的方式去发掘自己与其他同类的存在,甚至是为自己归类和命名。所以科学家建立了一些方法,去发现这些未知却又存在的微生物。如果要培养微生物,如细菌,传统的方法,就是从培养在培养器皿里,就像是在一个盘子里,摆上可口的果冻,供样本里的细菌吃,然后让它们长成我们肉眼能看见的样子——菌落。

    从收集自然界的样本开始,比如海水、河水、土壤、温泉、南极北极等,稀释它们,把它们养在像是燕菜的营养琼脂平板上。在适当的环境(不同温度、酸碱值、有氧无氧等的因素)并且无其他干扰因素下培养后,几天甚至几个星期后,你会发现营养琼脂平板上会长出各种不同颜色与样貌的菌落。

    我看过特别的颜色有紫红色、银光色和各种深浅不一的黄色,简直堪比万花筒。在数算不同器皿里的菌落数量后,科学家就会用我们火眼金睛,一一挑出形态不一的菌落。虽然形态不一,但是每一种细菌都有一种基因,叫做16S核糖体RNA(16S rRNA),是细菌界里所谓报生纸的始祖。

    16S核糖体RNA是极度被细菌所保护的,加上此基因的突变率非常低,所以适用于初步分类与鉴定细菌。通常科学家透过分析16S核糖体RNA并再对比数据库里的资料,就大约能知道这细菌是归属哪个分类。此外,再配合上分析与对比相近品种的表象以及化学分类上的特征差异,更体现出不同品种的“性格”,以此坚定一个个菌落是否属于新品种的归属,还是归类于已存在的原有品种。

    不过,在近10年,随著科技进步,即下一代测序的普及,把能培养在器皿上的菌落推上新的身分认证高度。与其以单独的一个16S核糖体RNA来认证微生物的身分,倒不如用下一代测序的科技,把细菌的整个基因组分析一通。


    注1:生物分类阶元:域->界->门->纲->目->科->属->种

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